На генеральном плане Орла 1819 года Богоявленская церковь показана стоящей у слияния рек Оки и Орлика на месте бывшего острога. Рядом с ней тянутся торговые ряды деревянного Гостиного двора, между церковью и рядами расположена площадь. Вот некоторые факты из церковной хроники за период первой трети XIX века. В 1815 году от Богоявленской церкви к Ильинской был установлен крестный ход (20 июля) в ознаменование «незабвеных проишествий 1812 года… дарованной России знаменитой победы» (Г. Пясецкий. История Орловской епархии. Орел: 1899, с. 916). Г. Пясецкий отмечает и такое событие, как историю с колоколом, которая произошла в 1821 году во время торжественного празднования в Богоявленской церкви. Когда наступил момент благовеста к литургии «начат был сторонними по усердию людьми на их колокольне (Богоявленской) в большой колокол благовест, который и был продолжаем около четверти часа. Во время трезвона во все колокола большой колокол треснул снизу вершков на восемь». К расследованию дела была привлечена городская полиция. В результате Орловская духовная консистория приняла решение: «в разбитиии колокола никто виновным не отыскан, и кто именно из сторонних людей участвовал в благовесте, также не открыто. А как ко всякому служению благовестный звон производить должны сами причетники, то за нерадение такое и беспечность о своих обязанностях, всех Богоявленской церкви причетников при собрании народном оштрафовать в церкви земными поклонами по сотне каждого, разделив оные на два раза…» (Г. Пясецкий, там же, с. 852—853).

В следующеем 1822 году для Богоявленской церкви был вылит ноый благовестный колокол, звук которого был особо отмечен, как «ясный». Вскоре последовал указ епископа: «По ясности нововылитого колокола при здешней Богоявленской церкви и по уважению того, что сия церковь находится в средоточии почти города, наблюдать отныне сей Богоявленской (церкви) чин собора, поступая сим образом:

  1. Во все воскресные, праздничные и торжественные дни производить при сей церкви предначинательный к литургиям и бдениям всенощным благовест и вечерням в установленное время так, чтобы прежде благовеста Богоявленского ни в каком приходе оного не начиналось, а после начатия оный благовест при всех прочих церквах был бы повсеместно;
  2.  В торжественные дни, когда духовенству следует собираться на общий молебен… сие начинать не иначе, как по сигналу при Богоявленской церкви сделанному благовестом в большой колокол примерно ударив разов пятнадцать или двадцать…» (там же).

В 1837 году Богоявленская церковь была капитально перестроена. Источники сообщают: «В 1837 году предпринято было распространить храм. В эту перестройку главный алтарь храма изменен и устроен совершенно новый и к нему пристроены с южной и северной стороны придельные алтари. Соответственно этому расширена была и вся церковь. Прежние боковые стены были разобраны и вместо них возведены новые на новом месте. В нынешней теплой, так называемой трапезной части храма устроены также алтари с правой стороны и с левой. Здесь же в теплой церкви для большей прочности утолщены были столбы, поддерживавшие колокольню. Тогда же с западной стороны храма к колокольне пристроен притвор или закрытая паперть… Верх колокольни… и верх церкви оставались прежние, одинакового стиля. Все же наружные стены церкви, алтари холодной церкви, северная и южная стены храма позднейшей постройки… сделаны с целью расширения храма и не соответствуют стилю древнего храма. До 1837 года храм вообще был меньших размеров и много уже… ограничиваясь с южной и северной стороны линиею арок купола. Со времени капитальной перестройки храма в 1837 году храм Богоявления Господня разделяется на теплую и холодную церковь. В холодной церкви в восточной части храма три алтаря и престола. Главный алтарь во имя Богоявления Господня, с правой стороны — во имя Вознесения Господня, с левой — во имя св. мучеников кн. Бориса и Глеба. В теплой церкви в правом углу алтарь во имя иконы Божьей Матери „Всех скорбящих Радости“ и в левом — во имя св. бессеребренников Косьмы и Дамиана…» (Орловские епархиальные ведомости. 1902, № 5. С. 67). Относительно этой перестройки в каталоге памятников архитектуры Орловской области сказано: «стены трапезной, приделов и апсиды в 1830-е гг. оформлены в духе позднего классицизма… Внутри стены храма… были прорезаны высокими и широкими арками, соединившими его пространство с пространством приделов и трапезной. Алтарь сохранил необычное перекрытие с выдвинутыми вперед парусами, верхняя поверхность которых подобна изогнутой полке, переходящей в конху» (Орловская область. Каталог памятников архитектуры. М.: 1985, с. 72—73).

В результате перестройки храм во многом утратил свое барочное звучание. Классицистические портики, новые массивные апсиды придали ему совершенно иной художественный облик. Изменился и его пропорционнальный строй, ранее бывший строго выверенным. Теперь лишь верхние части основного объема и колокольня напоминали о церкви, построенной в начале XVIII века.

К 1859 году относится «Главная опись орловской градской Богоявленской церкви», представляющая собой описание интерьера храма. После перестройки 1837 года он был пятипрестольным, имел три четырехярусных иконостаса, в которых размещалось много икон в серебряных позолоченных окладах. В трапезной на южной стороне находился престол во имя иконы Богоматери «Всех скорбящих Радости»; в его иконостас была вставлена сама эта икона.