Этот период истории храма мы можем видеть по документам, относящимся к 1920-м годам. Он в 1921 году, вместе с Иоанно-Предтеченским, попал в поле зрения Комиссии по изучению памятников старины и искусства при Орловском историко-художественном музее. Правда, перечисленные в её отчете чертежи, фотографии и исторические записки не сохранились.

В 1922 году в Орловской губернии, как и по всей России, проходила кампания по изъятию церковных ценностей. Вот как выглядел этот кощунственный процесс:

«Причту Богоявленской г. Орла церкви.
Губкомиссия по изъятию церковных ценностей ставит вас в известность, что 12 апрель с. г. в 10 ч. утра прибудет комиссия для изъятия ценностей в Вашем храме, о чем для соответствующего уведомления представителей верующих ставитесь в известность. Под ответственностью священнослужителей утренняя служба с 10 до 4 часу совершаться не должна.
Председатель губкомисии» (Государственный архив Орловской области, ф. Р-I. оп. I, д. 542. Дело об изъятии церковных ценностей в г. Орле и губ. 1922., л. 33).

Много ценностей тогда изъято не было. В следующем году Богоявленский храм был взят на учет и поставлен под охрану государства:

«В Губисполком.
Отдел по делам музеев Наркомпросса настоящим сообщает, что на учете и под лхраной Отдела музеев в г. Орле и губернии состоят следующие церкви и монастыри: г. Орел — … ц. Богоявления на Молочном базаре… В случае ликвидации богослужения в этих храмах они могут получить другое назначение только при условии сохранения в неприкосновенности их внутреннего и внешнего облика…»
(Государственный архив Орловской области, ф. Р-I. оп. I, д. 583. Материалы губисполкома за 1923—1924 г. г., л. 106).

В этом же 1923 году в Орле было закрыто 17 православных храмов, но Богоявленский собор в этот список не вошел.